Kekik (Origanum vulgare L.) Genik SSR (Basit Dizi Tekrarı) Markörlerinin Transkriptoma Dayalı Geliştirilmesi

Ali Tevfik UNCU

doi:https://doi.org/10.54498/ETBD.2024.37

Ali Tevfik UNCU, Ayşe Özgür Uncu, Fatıma Ceylan

Yıl : 2025
Cilt : 5
Sayı : 1
Sayfa : 1-10

DOI : https://doi.org/10.54498/ETBD.2024.37

Yeni nesil sekanslama teknolojileri ve biyoinformatik alanlarında gerçekleştirilen gelişmeler, günümüzde sekans spesifik DNA markörlerinin yüksek veri çıkışlı analizler ile tüm genom/transkriptom düzeyinde geliştirilmesine olanak vermektedir. Son 10 yıllık süreçte yeni nesil sekanslama platformları ve sekans analiz yöntemlerinin çeşitlenmesi, RAPD (rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA), ISSR (basit dizi tekrarlar arası) gibi sekans bilgisine dayanmayan, jenerik DNA markörlerine başvurmayı gereksiz kılmakta, bu tip markörler yerine yüksek tekrar edilebilirlikte sonuç üreten sekans spesifik markörler bitki moleküler genetiği uygulamaları için kullanışlı genomik araçlar olarak etkin şekilde kullanılmaktadır. Bu çalışmada, ‘kekik’ adı ile bilinen başlıca tıbbi ve aromatik bitki türlerinden olan Origanum vulgare L. genomuna özel genik SSR (basit dizi tekrarı) markörlerinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Origanum cinsi iyi bilinen tıbbi ve aromatik bitkileri içinde barındırmakla birlikte, bugüne kadar Origanum cinsine özel geliştirilmiş genom-spesifik markör sayısı yalnızca 33 adettir. Bu çalışma kapsamında, Türkiye’nin önemli bir gen merkezi olduğu Origanum cinsinin dünya genelinde yaygın olarak bilinen türleri arasında yer alan O. vulgare L. ssp. vulgare transkriptomu, de novo transkriptom birleştirme yöntemi ile analiz edilerek bir birleştirilmiş transkriptom elde edilmiş ve transkriptom sekansı trinükleotit SSR lokusları için taranmıştır. Elde edilen lokusların, yüksek GC içeriği ile kodlayan bölgelerde sık rastlanan tipte basit dizi tekrarları olduğu görülmüştür. Transkriptoma dayalı geliştirilen DNA markörleri, genomik markörlere kıyasla daha yüksek korunmuşluk düzeyi göstermekle birlikte, transkript edilen bölgelerdeki polimorfizmlerin fenotip ilişkilendirme analizleri için elverişlilikleri yüksektir. Bu çalışma kapsamında kekik transkriptomunda belirlenen SSR lokusları üzerinden yüksek veri çıkışlı markör dizaynı işlemi gerçekleştirilerek 1731 adet sekans-spesifik genik SSR markörü geliştirilmiştir. Açık okuma çerçevesinde veya 5’/3’ UTR bölgelerde (translasyona uğramayan bölge) lokalize SSR polimorfizmlerinin kodlanan amino asit dizisini veya protein katlanmasını ve gen ekspresyon düzeyini etkileme potansiyelleri yüksek olduğundan, bu markörler Origanum cinsi için bir genom-spesifik aday fonksiyonel markör seti oluşturmaktadır.

Atıf yapmak için : Ceylan, F., & Uncu, A. T., & Özgür Uncu, A. (2025). Kekik (origanum vulgare l.) genik ssr (basit dizi tekrarı) markörlerinin transkriptoma dayalı geliştirilmesi. Ereğli Tarım Bilimleri Dergisi, 5(1), 1-10. https://doi.org/10.54498/ETBD.2025.37

Açıklama : Yazarların hiçbiri, bu makalede bahsedilen herhangi bir ürün, aygıt veya ilaç ile ilgili maddi çıkar ilişkisine sahip değildir. Araştırma, herhangi bir dış organizasyon tarafından desteklenmedi.Yazarlar çalışmanın birincil verilerine tam erişim izni vermek ve derginin talep ettiği takdirde verileri incelemesine izin vermeyi kabul etmektedirler. None of the authors, any product mentioned in this article, does not have a material interest in the device or drug. Research, not supported by any external organization. grant full access to the primary data and, if requested by the magazine they agree to allow the examination of data.

Kekik (Origanum vulgare L.) Genik SSR (Basit Dizi Tekrarı) Markörlerinin Transkriptoma Dayalı Geliştirilmesi, Araştırma Makalesi,
2025, Vol. 5 (1)

Geliş Tarihi : 10.12.2024, Kabul Tarihi : 19.03.2025 , Yayın Tarihi : 30.06.2025